民間版規定立法院審議兩岸協定，準用條約案的審查程序，但立院職權行使法對於條約案的審議程序，並無詳細規定。因此，民間社團也一併提出立院職權行使法修正的配套草案，以下為民間版〈立法院職權行使法〉部份條文修正草案全文。
法律修正案
立法院職權行使法部分條文修正草案
案由：反黑箱服貿民主陣線、臺灣守護民主平台與台灣人權促進會有鑑於條約係屬國家之外交事務，總統雖有專屬之締約權，惟國會基於民主政治、責任政治及法治國家原則，有參與及監督國家外交事務之審議權，以符憲法第六十三條規定以及權力分立之原則。為使立法院於審議條約有法律明文可資遵循，爰提出「立法院職權行使法部分條文修正草案」。
說明：
一、 為避免條約與現行國內法規範產生衝突，立法院於審議條約案時，應一併審查需配合修正或訂定之法律案（增訂第十三之一條）
二、 立法院審議條約締結計畫或條約案，得向主辦機關調閱有關文書及證據，不受政府資訊公開法第十八條之限制。另條約之內容縱使涉及國家機密、國家安全或外交考量等因素，仍不能迴避國會之監督，行政院於條約案送立法院審議時，應標明機密等級，立法院應以秘密會議為之。（增訂第十三之二條）
三、 明定立法院審議條約締結計畫及條約案得予提出修正意見、附加附款、保留之要件及未通過之效果。（增訂第十三之三條）
提案人：反黑箱服貿民主陣線、臺灣守護民主平台、台灣人權促進會
連署人：
立法院職權行使法部分條文修正草案對照表
| 修正條文 | 現 行 條 文 | 說 明 |
| 第十三之一條
立法院審議條約案，應一併審議施行條約所須配合修正或訂定之法律案。 前項之法律案完成審查議決通過前，條約案之審議視為不通過。 |
（本條新增） | 一、 本條新增
二、 為避免條約與現行國內法規範產生衝突，立法院於審議條約案時，應一併審查需配合修正或訂定之法律案。 |
| 第十三之二條
立法院審議條約案，得依第八章規定向行政院或主辦機關調閱條約簽署過程有關文書及證據，不受政府資訊公開法第十八條之限制。 前項文書及證據內容涉及國家機密、國家安全或外交考量者，行政院於條約案送立法院審議時，應標明機密等級，立法院應以秘密會議為之。 |
（本條新增） | 一、 本條新增
二、 為保障人民知的權利、促使國會有效監督，立法院審議條約締結計畫或條約案，得依本法規定組成調閱小組或調閱委員會，向主辦機關調閱有關文書及證據，不受政府資訊公開法第十八條之限制。 三、 立法院依憲法第六十三條規定既有條約案之議決權，則條約之內容縱使涉及國家機密、國家安全或外交考量等因素，仍不能迴避國會之監督。所以本條係明定將機密性條約送立法院審議時，應標明機密等級，立法院應依立法院議事規則第四十六條規定以秘密會議進行審議，以維護國家安全。 |
| 第十三之三條
立法院審議條約案，除該條約明定禁止一部修正或保留外，得經院會決議提出修正、附加附款或保留。 前項條約案以附修正意見、附加附款或保留方式通過後，主辦機關必要時得與簽約對方重啟協商談判。 立法院得將保留條款廢止。保留條款之廢止經主辦機關通知簽約對方後生效。 條約案未獲立法院審議通過者，主辦機關應即通知簽約對方。 |
（本條新增） | 一、 本條新增
二、 本條明定立法院審議條約締結計畫及條約案得予提出修正意見、附加附款或保留之要件。 三、 條約簽定後，我國本有遵守之義務，惟須送立法院審議之條約案，除該條約明定禁止外，立法院得依憲法第六十三條議決條約權之規定，經院會決議提出修正意見、附加附款或保留，爰於第一項明定。 四、 立法院審議之條約案，經院會決議提出修正意見、附加附款或保留者，主辦機關得與簽約對方重新談判，並依第八條規定程序辦理。 五、 立法院對於條約案決議提出保留條款者，另得決議廢止保留條款。保留條款之止經主辦機關通知簽約對方後生效。 六、 條約案未獲立法院審議通過者，主辦機關亦應即通知簽約對方，以善盡國際義務。 |