反黑箱服貿民主陣線正式宣布向行政院版自經區宣戰後，檢視自經區條例內容，公民團體依據行政院版條文，提出八大疑慮，包括：農業、環境、動保、 勞動、醫療、稅制、教育、與服貿及貨貿關係。
稅制-減稅誤國 全數刪除
公平稅改聯盟發言人洪敬舒表示，國發會指自經區僅針對新設業者提供租稅減免，不會產生稅損，是極度誤導社會的說法。事實上任何應課稅額而未徵或減免，都是實質的租稅損失。首先，三年內企業匯回海外獲利投入示範區免除所得稅，卻對實質投資的要件空白授權。事實上，遺贈稅大降導至熱血回流卻大炒房價的前鑑尚且不遠，一旦企業以設廠及增設辦公室之名，大量收購各地自經區的土地及房地產，名為投資實為屯地，以現今政府對於房地產飆漲尚毫無對策，僅靠國發會及自經管理單位根本難以進行實質監理。
至於物流業已倍受中企壓境，在自經區提供減稅是對誰有利，不言自明。而簡易加工更可能造成貼標籤或換包裝就能享有減稅，不僅減稅有浮濫之嫌，更導致企業追求減稅而轉為假外資。吸引外資的要素包括獲利、便利及穩定等考量，減稅絕非吸引資金的唯一方法，台灣大幅減稅但外商直接投資(FDI)卻出現萎縮即是實證，故公平稅改聯盟認為應全數刪除§31 至 §33之減稅規定。
動保-自經區不應排除野保法 反對保育類水族動物貿易
台灣動物社會研究會代表林岱瑾質疑農委會一再表示自經區條例§47排除野保法是為了發展「觀賞魚產業」，但原條文寫的是「野生動物」。台灣動物社會研究會在4月10日林岱樺委員主持的公聽會中，提出觀賞魚貿易大國新加坡自由貿易區相關規範，對野生動物保育的嚴謹與重視，並要求刪除自經區條例草案第47、62、67、68條，自經區內外應一體適用野生動物保育法。當場國發會主委管中閔表示同意，將立即與農委會研議修改，並與民間團體溝通。
但是國發會4月28日的修正動議，雖將野生動物貿易限縮為「觀賞水族類動物」，卻沒定義，全憑農委會認定！排除「野保法§24第2項申請資格與利用之限制」，仍開放保育類動物輸出入及買賣。民間團體要求國發會、農委會公開決策依據與評估報告，讓全民瞭解犧牲野保法的利弊得失？不要空口白話，蠻橫立法！
勞工-中國專業人士比照就服法、取消外勞預核制
台灣勞動與社會政策研究協會執行長張烽益指出，依據自經區條例§30，自經區內的中國商務或專業人士來台可申請商務居留，即使從事履約活動、跨國企業內部調動等所謂商務活動，但實際是受僱工作的行為，也沒有適用就服法月薪47971元下限、碩士或大學兩年工作經驗限制，也沒有職業別與職務別的限制。這將造成自經區企業濫用中國籍專業人士，影響本國勞工權益。
自經區(自由貿易港區)廠商除了有全國最優惠的40%外勞比例之外，更可以在尚未僱用任何本勞之前，政府就預先核發外勞名額給廠商，違反外勞的補充性原則與本勞僱用優先原則。更離譜的是，尚且明文規定在一年之後才會查核本外勞比例是否達到40%，造成一年的法律空窗期。因此外勞預核制已違反就服法精神，應該立即取消。
教育-反對教育商品化 高教應退出自經區
高教工會秘書長陳政亮認為，從教師與學生的立場來看「自由經濟示範區特別條例」，高教教育領域應自「自由經濟示範區」草案中全面退出：亦即，應刪除54至57條！
高教工會主張教育不是商品，自經區完全是追求經濟利益的政策，與教育本質不相容；而此草案卻以和國外大學合作之名，在全台灣推行學費完全不受限的本外合辦專班、學院或分校，將各種公共監理、校園民主、勞動保障法令規範，通通去除。這會造成高教的更加階層化，嚴重破壞了高教的公共性！
此計畫更涉及多項重大法令變更，條例中卻一律讓主管機關教育部自訂相關辦法，明顯是「空白授權」！事實上，目前教育部已有兩個行政命令草案偷跑了，完全沒有經過民主審議程序！
陳政亮強調，教育不是商品，教育領域若未全面從自經區撤出，師生必將走上街頭捍衛教育的公共性，反對這將販賣教育的錯誤政策。
環境-反對國土開發大鬆綁 拒絕圈地常態化
地球公民協會執行長李根政表示，自由經濟示範區就是藉由法規的特別鬆綁，強迫國土犧牲與管制開門的租界區。在完全未先行評估需求、區位下，示範區已成為國土管制體制的太上皇，徹底讓國土無限制的全面自由化、門戶全面洞開、管制完全不設防。
李根政解釋自由經濟示範區特別條例，首先破壞國土計畫（第13、14條），空白授權讓中央主管機關、直轄市或縣(市)政府得以自行選定區域，再報請行政院核定設置。一旦行政院核定，根本就是架空土地管制體制，土地管理機關僅能配合辦理。
其次，示範區之設置包含都市與非都市土地，並且透過簡化程序、縮短時程、鬆綁管制等，直接開國土管制大門（第15、16條）。此外，簡化非都市土地變更，只要製作變更內容對照表，送請中央區域計畫主管機關備查，完全不需審議與許可，並且規避環評，變更申請內容只要檢附資料備查不需核准（§17）。而私有土地徵收與公有土地撥用或讓售（§19），將造成浮濫圈地，以及國有土地大釋出。
因此，自由經濟示範區特別條例，將使國土成為經濟自由化的一環，讓國土徹底成為自由化的商品，讓圈地行為普遍化、常態化，讓土地開發、變更與利用，以及環境衝擊去管制化，更讓國有土地私有化、私有土地財團化。這是一個圖利少數人、殘害多數人，不公平、不正義的條例。
反黑箱服貿民主陣線召集人賴中強指出：三月下旬舉行的中韓FTA第十輪談判，韓國將農業漁業產品與小企業製品列為超級敏感產品，要求二十年內不降稅，中國則將部分鋼鐵及石化製品列為超級敏感產品，雙方都有要保護的產業與要求對方開放的產業，彼此角力，步步為營。反觀馬政府提出的自經區條例草案，未戰先降，還沒有與貿易對手國進行相互降稅談判， 主動在六海一空對全世界片面實施零關稅， 並全面開放兩千一百多項中國農工原料進口， 讓談判籌碼盡失。而且條例生效後一步到位「零關稅」，讓國內受衝擊產業沒有任何調適期，不顧製造業勞工與農民死活。我們要求刪除草案§38的片面零關稅條款與草案§42的擴大開放中國農工製品進口條款。
此外，依照行政院核定的自經區規劃方案，中資投資示範區服務業標準參酌 WTO 入會承諾，那未來中資在自經區經營律師 、會計師、不動產、民調、人力仲介 、出版、電信、廣播電視、電影院、教育、醫療 、銀行、保險、證券、旅館、通訊社不受限制，經濟部指定示範事業成為黑箱服貿的後門條款。我們要求廢止「大陸地區人民來台 投資許可辦法」§8第2項之服貿後門條款，並要求修改草案§9與 §10主管機關指定示範事業的空白授權條款。
農業-反對滅農自經區 製造農工對立
台灣農村陣線發言人蔡培慧指出自經區條例造成糧食安全及農業加值危機。2008年央行總裁彭淮南就指出台灣通貨膨脹是輸入型通貨膨脹，因為國際油糧上漲，台灣當時只有三成糧食自給率，就已陷入糧食依賴的危機。很多人以為，各國為了自由貿易及工業化發展都會忽略農業，但工業革命起點的英國的糧食自給率是70%，德國有84%，鄰近的韓國是40%，日本有46%，中國更達95%。可以想見台灣在自由開放及工業科技發展上已經忽略農業，不只忽略農民，也像08年一樣影響消費者和食品物價指數，即使先進工業國家也是農工並重，不是偏重資本擴張。
另一方面，自經區條例把農業加值放進去，助長台灣的資本農業，卻毀棄台灣品牌。如果稱讚法國紅酒，釀酒的葡萄一定是來自法國，如果台灣品牌的茶跟鳳梨酥，原料卻來自中國或東南亞，還能說是台灣品牌嗎?四千億的農業產值裏頭有一千七百億的原料是投入食品加工，可以創六千億的食品加工產值，政府難道要完全毀棄?蔡培慧表示，台灣有22萬公頃的休耕土地，難道不是應該要擴張生產而不是放任毀壞嗎?特別是自經區條例§42，開放中國農產品做食品加工原料，此條文迴避台灣過去wto及ecfa 對中國農產品的限制，蔡培慧也要求農委會主委陳保基說明為什麼要開放?即使是美韓FTA，韓國也有將近2.5%的農產品受到關稅配額保護，其他農產品也分十年慢慢降關稅，政院版的自經區卻是一次到位零關稅，台灣已經是糧食危機國家，她再次質疑行政院為什麼還要開放?
但是政府所宣稱要效法的韓國、日本和新加坡，實行國際醫療都如此美好嗎?黃淑英舉例，新加坡由於公立醫院也同步大幅度提供國際醫療，即使新加坡將公立醫院所提供之國際醫療收入（是全部，而非特許費）全數充公，仍然導致其國內醫療價格居不下，使得國民個人帳戶制內之醫療費用公積金(CPF-MediSave)無以負擔高漲的醫療費用，特別是重症，而促使個人帳戶內提撥比例下降的改革，許多新加坡國民必須開車至鄰近的馬來西亞看相對便宜許多的專科醫師，使他的國民無以負擔醫療費用。
另外，韓國政府雖然已經要以大幅提高政府資金比例在全民健保的佔率，作為維繫健保的承諾，然而韓國專家仍然表示其國際醫療對外國人收費高於三倍的，two-tier system有違反公平交易法之嫌，將可以處以最高營業毛額2%之罰鍰，韓國民眾輿論亦表示：營利性質之醫院出現，使得要求高品質服務和時間寶貴之富豪，獲得較好之醫療服務，一般人將淪為接受二級醫療服務。而日本的醫師公會全聯會更是公開反對日本開放國際醫療機構，稱會使得國內醫師更為血汗，分配更為不均，惡化國內醫療品質，抬高醫療價格，使得醫師選擇病人，加速健保體制崩壞！
黃淑英認為台灣實施國際醫療會至少加速以下五大醫療崩壞：
一、醫學倫理喪失，醫師誓詞改寫
二、醫療核心人力流失，血汗低薪惡化
三、資本五鬼搬運，醫療成財團私有財
四、自費持續高漲，醫療階級權貴化
五、衝擊健保資源分配，惡化健保醫療品質