確定申請人與相對人身份後，工會即可至勞委員官網下載「不當勞動行為裁決申請書」，填具完成後，以一式五份親送或郵寄至勞委會申請裁決。勞委會收受申請書後，會依《勞資爭議處理法》§39及40條之相關規定，先行檢視書面資料內容是否完備，以及從知悉或時寄發生不當勞動行為到提出申請是否超出90日的法定期限，若要求限期補正而未補正資料，或者已逾90日期限者，依法須以書面裁定不予受理。

若資料及要件齊備，則勞委會必須在7日內召開裁決委員會，並指派1至3名裁決委員召開調查庭進行事實及必要證據調查。進入調查及裁決的過程後，裁決委員依法得嘗試協調勞資雙方進行溝通，若兩造達成和解，則申請者需自行填具「撤回不當勞動行為裁決申請事件申請書」，以中止裁決程序。

倘若勞資雙方均無和解意願，裁決委員在完成事實調查後，需在20日內(必要時得延長20日)作成調查報告，並在7日內召開裁決委員會通知當事人進行言詞陳述之後，在30日內(必要時可延長30日)依調查結果作成「構成不當勞動行為」或「申請駁回」兩種裁決決定，並在20日之內將裁定書送達兩造當事人。