目前我們看到關於自經區土地的相關辯論可以歸納為正反雙方，正方就是政府部門的說法，他們主要的論點在於自經區是為了要提供便捷的土地取得，然而這個說法隱含以下三項假設，目前相關產業的土地供給不足或是區位不佳；現在相關產業用地取得的行政過程相當冗長，例如環評和都市計畫變更；現行法令對於相關產業用地取得的限制或是不便，所以政府為了鬆綁相關的規範而設立自經區。
而從反方的論點來看，他們認為目前在那些「六港一空」的地區、現行的科學園區和工業區中都有許多土地是閒置的，而且在全台灣一百多處的工業區中土地使用率是很低的，另外他們也發現自經區特別條例對於土地的規範是逾越現有法令的，舉凡現有的環評流程、都市計畫變更和建築管理都要被打破，這部分造成很大疑慮，而且自經區就像是一份空白授權，只規定原則，其他的則授權給行政機關來把關，最後就是關於圈地的問題，裡頭所謂的新設示範區，其實就是在六港一空的範圍之外到處都可以設立示範區，這部分很大的疑慮在於過去幾年來，台灣對於圈圍農地開發的問題越來越嚴重，之後可以掛上自經區的帽子來圈地的話，這個問題恐怕會越來越嚴重。
傳統的經濟學以來，土地一直都是眾多生產要素中很重要的一個，在台灣近幾年的觀念中，土地被認為是經濟發展的重要因素，所以才會有人認為，因為廠商取得土地很困難以及冗長的行政流程，造成廠商投資上的困難，這方面最常被拿出來做比較的例子是中國，以過去二十多年來中國的地方政府如何招商、如何取得工業區和生產用地來比較，相對於台灣，他們對於用地取得的速度非常快、非常有效率且取得規模非常大，可是這背後是建立在中國特有的土地所有體制，以及特有的國家機器暴力之上，有太多案例可以說明中國政府如何強徵農民的土地，以及對於環境的種種剝削，由於我們很容易陷入用這種方式來和他們比較，亦即若無法和中國一樣快速、大規模的取得便宜的用地，台灣就有失去競爭力的疑慮。
另一方面，土地相比於其他生產要素，例如資本、勞力和企業能力，它作為生產要素的強度在台灣一直被無限放大，政府一直認為必須透過特許的手段，提供廠商便宜的土地取得，讓土地的地租降低，以確保生產的過程中收益可以大於成本，這又被稱為超邊際土地，這裡的盲點在於，過分強調土地占所有生產要素的比重，而非追求生產過程和單位勞動產出的高效率，這會造成企業非常強調土地的經濟租，這個經濟租來源就是土地的市場價格和其作為生產成本之間的價差，這會扭曲土地的實際價值和市場的自由競爭，自經區便是透過這種違反自由競爭的模式來追求自由貿易，最後就是造成企業獲利。
在這裡我引用台大地理系徐進鈺老師的研究做為例子，過去二十多年來他致力於台灣加工出口區、各地工業區和科學園區的相關研究，他歸納了台灣產業園區的共同點，從加工出口區時代以來，政府往往透過保護或是土地優惠的手段來扶植產業，一開始的想法是扶植到一定的程度之後，該產業就可以自立自強，但是實際上是等到這些產業茁壯了之後，由於其具有相當大的政經影響力，所以又反過頭來向政府要求更多的保護，也就是說這些產業的競爭力並非來自改善生產過程和單位投入成本的效率，而是來自於便宜的土地成本產生的經濟租，這個模式是一直不斷被複製的。
最後一個問題則是一種惡性循環，我們的地方政府其實是長期缺錢的，而且中央政府現在的一些大型建設也不想花錢，自經區也是這個樣子，政府認為只要透過鬆綁法規，那麼就不需要花錢了，這會造成未來地方政府搶破頭來爭取自經區的劃設，因為他們一樣可以利用圈地的方法，複製過去將農業區變更為可建築用地的模式，在這個過程中創造大量的利益，這就是土地炒作，有太多屬於這種類型的案例，包括現在的桃園航空城，幾千公頃的土地劃下來之後，裡面什麼產業都沒有，但是中間的土地交易卻已經多次轉手了。
如果大家對於台灣的國土治理很了解，那就會知道這個問題的危險，事實上現在台灣的國土治理是非常糟糕的，首先是城鄉分治，也就是說台灣的國土治理分成兩種，一種是都市計畫區，另一種則是非都市計畫區，我們把城市和鄉村分成兩套體系，有兩套不同的管制規則在運作，這會造成制度上的不銜接和細縫；第二點問題則是水土分家，也就是土地管理的部門和土地環境保護的部門是分開的。
此外在台灣有很多種計畫，例如都市計劃和區域計劃，然而實際上卻都是「計畫為體、特例為用」，真正的開發都是用特例，完全推翻原本計畫的架構，我們有太多像是自經區的特別法，或是政府以重大建設為由或是行政命令將現有法令擱置，所以計畫只是空有其表，實際運作都是用特例的模式。
另外一個問題則是結構性的，台灣的國土治理或是土地開發基本上就是一種官商共構，特別是從地方派系、地方首長或是地方議會和土地的關聯來看就可以知道，而這整個背後是因為地產掛帥，地租事最重要的因素，其他講的生產要素都是假的，地租是真正主導性的產業，其創造的經濟租又全部歸於私人，都回到了地主或是所有權人手中。
這樣子的惡性循環加上自經區如此運作的話，它在國土治理下會變成既是租界也是違建，一方面不受現有法令的管制，產生國中之國的狀況，另一方面又有新設示範區的模式，這背後就有土地炒作的利益存在，最後就會像違建一樣不斷亂長，這部分是政府完全無法管理的，因為政府對於國土治理或是都市計畫是沒有管理能力的，例如前一陣子被熱門討論的工業住宅，法令規範工業區內不准設立住宅，但光是在新北市就有上萬戶的住宅蓋在工業區裡面，也就是說政府從來都沒有好好實現對於相關管理的承諾，政府有太多不良的案例，所以我認為政府完全做不到這一點，這也是自經區裡面最令人擔心的一部分。
最後提出個人對於自經區的看法，第一點是我認為初期應該鎖定在「六港一空一農技」的這些地區就好了，而不要向外放大，先在這些範圍內試驗，加上現有的土地都非常大、非常空、非常多，應該要當發現效果很好或是土地用完了再來考慮向外延伸。
第二點則是應該要針對這五大產業來仔細檢討既有的土地使用管理和土地開發許可的相關規範，並將它視為一種規則而非個案，另外因為土地真的夠用，所以應該要先好好利用既有的工業區、科學園區或是都市計畫區，而不是再去徵收新的土地。
第三點在於真正的關鍵是炒土地，在未來政府劃設的示範區中，如果土地是公有的話就只租不賣，確保土地仍掌握在政府手中，如果是私有土地就可以允許轉手，但是必須依照實價來課稅，因為既然目的是要拿來生產，那麼要轉手的話就必須課重稅，若是短期買賣的話還要課更重的稅，以避免土地炒作的問題，這部分若是做好，就可以消除前面提到的許多疑慮，然而這部分卻是目前國發會不斷規避的問題。